Martharaptor a été placé dans le Therizinosauroidea par les descripteurs .Selon une analyse cladistique, il était en position basale dans l'arbre généalogique au-dessus de Beipiaosaurus mais en dessous d'Alxasaurus. Cependant, ce placement est incertain en raison du matériel fossile limité. Les therizinosaures variaient en taille, de 2 à 9 mètres de long. La plupart des animaux de cette famille étaient herbivores ou omnivores et leur caractéristique particulière était les longues griffes en forme de faucille sur les pattes antérieures.
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