Wakinosaurus est le premier fossile de dinosaure découvert au Japon. Wakinosaurus a d'abord été décrit comme une espèce de mégalosauridé. Ce théropode pourrait être un allosaure, mais Wakinosaurus est considéré comme une espèce douteuse en raison des rares découvertes. La dent est découverte à Fukuoka en 1990 par Masahiro Sato. La même année, Yoshihiko Okazaki rapporte la découverte dans une publication. En 1992, Okazaki nomme l'espèce-type. Le nom générique fait référence au sous-groupe de Wakino du groupe de Kwanmon, duquel la formation de Sengoku fait partie. Le nom spécifique a été donné en l'honneur de Sato.
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