Gobiceratops était un très petit proche du Ceratopsier apparenté aux Bagaceratops. La caractéristique la plus frappante du Gobiceratops est ses grandes orbites par rapport au petit crâne de seulement 3,5 centimètres de long, il s'agit donc probablement d'un jeune animal. Si vous regardez les proportions, vous pouvez rapidement conclure que Gobiceratops n'est rien de plus qu'un très petit et jeune Bagaceratops et ne représente donc pas un genre à part, comme il a également été considéré par Łukasz Czepiński en 2019. L'explorateur Vladimir Alifanov l'a vu différemment, pour lui le Gobiceratops est un genre à part, qu'il a inclus dans le Bagaceratopidae. Alifanov donne également un aperçu des différentes espèces de Psittacosaurus, qui ont elles-mêmes une taxonomie assez douteuse. Il est donc concevable que Gobiceratops se compose également de plusieurs genres apparentés.
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